Okulumuz, 1999 yılında Kız Meslek Lisesi olarak yapılan, fakat Kız Meslek Lisesinin Şehit Ömer Boztepe Çok Programlı Lisesi bünyesine alınmasıyla boşta kalan binada 2005-2006 eğitim-öğretim yılında, 31.08.2005 tarihinde Nallıhan Anadolu Öğretmen Lisesi adıyla hizmete açılmıştır.

26.02.2008 tarihinde, Nallıhan Eğitimine, görev yaptığı dönemde çok büyük katkılar sağlayan, Milletvekili ve Turizm Bakanı olarak görev yapan Nallıhanlı devlet adamı merhum Sn. Bilal GÜNGÖR' ün adının verilmesi ile, okulumuzun adı Nallıhan Bilal Güngör Anadolu Öğretmen Lisesi'ne dönüşmüştür.

Okulumuz, Ortaöğretim Genel Müdürlüğünün 05.06.2014 tarih ve 83203306/10.03/2288835 sayılı Bakan Onayı ile Bilal Güngör Sosyal Bilimler Lisesine,

Ortaöğretim Genel Müdürlüğünün 03.04.2018 tarih ve 69543144/105.01/6752036 sayılı Bakan Onayı ile de Bilal Güngör Fen Lisesine dönüştürülmüştür.